През 1987 г. дългоочакваният и изцяло нов модел Škoda Favorit започва да се произвежда. През март 1991 г. компанията стартира партньорство с Volkswagen.
Стартира производството на моделната серия Favorit. Преходът към модерната концепция за двигател с предна ос, задвижване на предните колела и компактна каросерия с голяма пета врата става за рекордно кратко време. Елегантната каросерия е проектирана от италианския дизайнер Нучио Бертоне.
Škoda Favorit излиза на пазара, отбелязвайки успех в продажбите както в Чехословакия, така и в чужбина.
След смяната на политическия режим през 1989 г., компанията търси силен чуждестранен партньор. През декември 1990 г. избира за свой партньор Volkswagen.
Škoda се присъединява към VW, Audi и Seat като четвъртата марка на Volkswagen.
Налице е непрекъснат процес на подобряване на качеството на продукцията и всички автомобили Škoda получават системи за впръскване на гориво и контролирани каталитични конвертори.
Моделът Škoda Favorit след повече от милион произведени автомобила е заменен от Felicia - първият съвместно разработен автомобил след сливането с VW.
До 2001 г. компанията е произвела повече от 1,4 милиона модела Felicia.
В Млада Болеслав се полагат основите за производство на бъдещия нов модел - Octavia.